Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Acıbadem Sağlık ve Eğitim Vakfı tarafından 18 Mayıs 2007 tarih ve 26526 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 28 Mart 1983 tarih ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilat Kanununa 5656 sayılı Kanunun 1.maddesi ile eklenen Ek 74. madde ile İstanbul’da kamu tüzel kişiliğe sahip bir Vakıf Üniversitesi olarak kurulmuştur.
2009-2010 akademik yılında Maltepe Gülsuyu’nda yer alan ilk geçici yerleşkesinde Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi’nin Hemşirelik, Fizyoterapi ve Rehabilitasyon, Sağlık Yönetimi Bölümleri ile Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu’nun yedi programına ilk öğrencilerini alarak eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır.
Takip eden yıllarda Fen-Edebiyat Fakültesinin Psikoloji, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Sosyoloji Bölümleri, Mühendislik Fakültesi’nin Tıp Mühendisliği Bölümü, Eczacılık Fakültesi, Meslek Yüksekokulu’nun Biyomedikal Cihaz Teknolojisi ve Aşçılık Programları, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu’nun diğer programları ile Sağlık Bilimleri, Fen Bilimleri ve Sosyal Bilimler Enstitüleri, Senoloji Araştırma Enstitüsü faaliyete geçerek önlisans, lisans ve lisansüstü programlar açılmıştır. Üniversite 2013-2014 akademik yılında tüm akademik ve idari birimlerin yer aldığı Ataşehir’de bulunan Kerem Aydınlar Kampüsü’ne taşınmıştır.
Acıbadem Üniversitesinin ismi, Üniversitenin kurucusu Acıbadem Sağlık ve Eğitim Vakfı ve Üniversitenin Mütevelli Heyet Başkanı Mehmet Ali Aydınlar ile birlikte anılması hakkındaki 01 Temmuz 2017 tarih, 30111 Sayılı Resmi Gazete’de yayınlanarak kabul edilen 7033 Sayılı kanun ile Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi olarak değiştirilmiştir