Moleküler Biyoloji ve Genetik Araştırma Alanları – Moleküler Biyoloji ve Genetik | Acıbadem Üniversitesi

Moleküler Biyoloji ve Genetik Araştırma Alanları

Tanıtım Videosu

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Ahmet Can Timuçin, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde öğretim üyesidir. Lisans derecesini Sabancı Üniversitesi Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik programından almıştır. Yüksek lisansını Columbia Üniversitesi'nde, doktorasını ve doktora sonrası (post-doc) araştırmalarını ise yine Sabancı Üniversitesi Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik alanında tamamlamıştır. Bilimsel çalışmalarında hesaplamalı yapısal biyoloji, peptit tasarımı, biyoinformatik ve kanser hücre sinyal yolakları üzerine yoğunlaşmaktadır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Hesaplamalı Yapısal Biyoloji
  • Peptit ve Nükleik Asit Tasarımı
  • Transkripsiyon Faktörleri
  • Moleküler kanser Biyolojisi

Devam Eden Projeler

  • Detection and monitorization of cardiovascular disease parameter through MEMS structured sensor systems (KARMEMS) (Araştırmacı, TÜBTAK 1004)
  • MAESTRO - Micro Medical Technologies Platform (Araştırmacı, TÜBİTAK 1004)
  • Investigation of functional roles of LAMA5 gene variants identified in a cohort of Turkish multiple sclerosis families on the disease pathophysiology (Araştırmacı, TÜBİTAK 1001)
  • Phthalozymes: new artificial metalloenzymes for concomitant photocatalytic hydrogen production and CO2 reduction (Araştırmacı, TÜBİTAK 1001)

Seçilmiş Yayınlar 

  1. Peptide Design for Targeting BTB Domain Homodimerization of BACH2: Complementary In Silico and In Vitro Approaches, Acar E., Başağa H., Timuçin E., Timuçin A. C., ACS OMEGA , sa.6c01122, ss.1-26, 2026
  2. Indole ring linked thiazolidone hybrid molecules as potent tubulin inhibitors, Abdulrahman Abba, Hülya Akgün , Burçin Güngör , Naz Ünal, Zülal Sevgi Dede, İpek Bedir, Dilek Telci Demirtaş, Başak Aru, Gülderen Yanıkkaya, Güneş Yıldırım Akdeniz, Ahmet Can Timuçin, LETTERS in DRUG DESIGN & DISCOVERY, 2026
  3. Functional and Molecular Characterization of CCN6 Variants Encoding WISP3 in Progressive Pseudorheumatoid Dysplasia, Gulipek Guven Tasbicen; Ali Tufan; Batuhan Savsar; Alper Bulbul; Zeynep Tonbul; Elif Guzel; Dilay Hazal Ayhan; Ahmet Can Timucin; Umut Inci Onat; Gunseli Bayram Akcapinar; Ozlem Akgun Dogan; Yasemin Alanay; Eda Tahir Turanli, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 01 September 2025
  4. Peptide-Based Regulation of TNFα Mediated Cytotoxicity , Betul Zehra Temur, Ahmet Can Timucin, Ahmet Emin Atik, Tanil Kocagoz, Ozge Can, BIOMOLECULES, 2025, 15(4), 559, 2025
  5. Experimental and Computational Insights into the Structural Dynamics of the Fc Fragment of IgG1 Subtype from Biosimilar VEGF-Trap, Destan E., Turkut E., Aldeniz A., Kang J., Tosha T., Yabashi M., Yilmaz ., Timuçin A. C., Matsuura H., Kawano Y., Cinkaya I., Demirci H., SMALL STRUCTURES, 202400680, 2025
  6. Structure based computational RNA design towards MafA transcriptional repressor implicated in multiple myeloma, Akdeniz G. Y., Timuçin A. C., JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS AND MODELLING, cilt.132, ss.1-17, 2024

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Ceyhun Ekrem Kırımlı, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesidir. Lisans derecesini Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nden (2005), yüksek lisansını Boğaziçi Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Enstitüsü'nden (2008) almıştır; yüksek lisans tezinde fonksiyonel yakın kızılötesi spektroskopi ile prefrontal korteks hemodinamiğini izleyerek çalışma belleği performansını değerlendirmiştir. 

Doktorasını Drexel Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği, Bilim ve Sağlık Sistemleri Okulu'nda (2014), dizi piezoelektrik plaka sensörleri (PEPS) ile DNA izolasyonu ve amplifikasyonu gerektirmeyen transrenal gen mutasyonu tespiti üzerine tamamlamıştır. Bilimsel çalışmalarında biyoenstrümantasyon ve MEMS, piezoelektrik ve QCM tabanlı biyosensörler, empedans spektroskopisi ve mikroakışkan tanı platformları üzerine yoğunlaşmaktadır. Biyosensörler ve Hesaplamalı Biyotıp Laboratuvarı'nın eş yürütücüsüdür.

Anabilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği

Araştırma Alanları 

  • Biyoenstrümantasyon ve MEMS
  • Piezoelektrik Plaka Sensörler (PEPS)
  • QCM Biyosensörleri ve Empedans Spektroskopisi
  • Nükleik Asit ve Peptit Tabanlı Biyoalgılama
  • Mikroakışkan Sistemler ve Organ-Çip Platformları
  • Nokta-Bakım Tanı Sistemleri
  • Biyomedikal Ölçüm ve Okuma Devreleri

Seçilmiş Yayınlar

  1. Preparation of Nanoparticle-Immobilized Gold Surfaces for the Reversible Conjugation of Neurotensin Peptide, Gök H., Göl D., Temur B. Z., Türkan N., Can Ö., Kırımlı C. E. ve ark., BIOMOLECULES, cilt.15, sa.6, 2025
  2. An Investigation Into the Impact of Impedance Measurement Parameters on the Limit of Detection of QCM-D Using Machine Learning Model Chaining, Kırımlı C. E., Kırımlı E. E., Yüksel M. M., Tuğtağ S. Y., IEEE SENSORS JOURNAL, cilt.25, sa.3, ss.5688-5696, 2025
  3. Hydrogel-Integrated Heart-on-a-Chip Platform for Assessment of Myocardial Ischemia Markers, Ateş B., Eroğlu T., Şahsuvar S., Kırımlı C. E., Kocatürk O., Şenay Ş. ve ark., ACS OMEGA, cilt.9, sa.41, ss.42103-42115, 2024
  4. Small world properties of schizophrenia and OCD patients derived from fNIRS based functional brain network connectivity metrics, Akın A., Yorgancıgil E., Öztürk O. C., Sütçübaşı B., Kırımlı C. E., Elgün Kırımlı E. E. ve ark., SCIENTIFIC REPORTS, cilt.14, sa.1, 2024
  5. A Novel Peptide-Based Detection of SARS-CoV-2 Antibodies, Bulut A., Temur B. Z., Kırımlı C. E., Gök Ö., Balcıoğlu B. K., Öztürk H. U. ve ark., BIOMIMETICS, cilt.8, sa.1, 2023
  6. Machine learning approach to optimization of parameters for impedance measurements of Quartz Crystal Microbalance to improve limit of detection, Kırımlı C. E., Elgün E. E., Ünal U., BIOSENSORS AND BIOELECTRONICS: X, cilt.10, 2022
  7. Rapid, label-free genetic detection of enteropathogens in stool without genetic isolation or amplification, Han S., Soylu M. Ç., Kırımlı C. E., Wu W., Sen B., Joshi S. G. ve ark., BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, cilt.130, ss.73-80, 2019
  8. In situ, amplification-free double-stranded mutation detection at 60 copies/ml with thousand-fold wild type in urine, Kırımlı C. E., Lin S., Su Y., Shih W., Shih W. Y., BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, cilt.119, ss.221-229, 2018
  9. Amplification-free in situ KRAS point mutation detection at 60 copies per mL in urine in a background of 1000-fold wild type, Kırımlı C. E., Shih W., Shih W. Y., ANALYST, cilt.141, sa.4, ss.1421-1433, 2016
  10. DNA hybridization detection with 100 zM sensitivity using piezoelectric plate sensors with an improved noise-reduction algorithm, Kırımlı C. E., Shih W., Shih W. Y., ANALYST, cilt.139, sa.11, ss.2754-2763, 2014

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Dilay Hazal Ayhan Sabancı Üniversitesi Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik lisans mezuniyetinin ardından doktora derecesini University of Massachusetts Amherst Moleküler ve Hücresel Biyoloji Programı’nda tamamlamıştır. UMass Amherst, Peking University Institute of Advanced Agricultural Sciences ve Acıbadem Üniversitesi bünyesindeki doktora sonrası araştırmacı rollerinin ardından, Ocak 2026’dan beri Acıbadem Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde Doktor Öğretim Üyesi olarak görev yapmaktadır.

Çalışmalarında genomik ve evrimsel biyolojiye yoğunlaşan Dr. Ayhan, karşılaştırmalı genomik, transkripsiyon ve epigenetik analizler, konak-patojen etkileşimleri, aksesuar kromozomlar ve transpozon dinamiği üzerine odaklanmaktadır. Genomik veri analizi ve deneysel biyolojiyi harmanlayarak mantar patojenlerinin konakçı ve çevresel adaptasyon süreçlerini incelemektedir.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Genomik ve Biyoinformatik
  • Evrim
  • Aksesuar Kromozomlar
  • Transposonlar
  • Mantar Moleküler Biyolojisi
  • Konakçı-Patojen Etkileşimleri

Devam Eden Projeler

  • Patojen fungus Fusarium oxysporum'un sıcaklık adaptasyonu mekanizması (TÜBİTAK 3501 - Yürütücü)

Seçilmiş Yayınlar

  1. Transposons and accessory genes drive adaptation in a clonally evolving fungal pathogen. López Díaz, C., Ayhan, D.H., Rodríguez López, A., Gómez Gil, L., Ma, L.-J., and Di Pietro, A. NATURE COMMUNICATIONS (2025)
  2. Super pangenome of Vitis empowers identification of downy mildew resistance genes for grapevine improvement. Guo, L., Wang, X., Ayhan, D.H., Rhaman, M.S., Yan, M., Jiang, J., Wang, D., Zheng, W., Mei, J., Ji, W., et al. NATURE GENETICS (2025)
  3. Host-specific adaptation in Fusarium oxysporum correlates with distinct accessory chromosome content in human and plant pathogenic strains. Ayhan, D.H., Abbondante, S., Martínez-Soto, D., Wu, S., Rodriguez-Vargas, R., Milo, S., Rickelton, K., Sohrab, V., Kotera, S., Arie, T., et al. MBIO (2025)
  4. Gap-free comparative genomics uncover virulence factors for Fusarium wilt of watermelons. Ayhan, D.H., Wang, H., Zhang, L., Wang, G., Yi, S., Meng, D., Xue, L., Geng, X., Kong, Z., Wang, X., et al. PLOS PATHOGENS (2025)
  5. Molecular Consequences of CCN6 Variants Encoding WISP3 in Progressive Pseudorheumatoid Dysplasia. Guven Tasbicen, G., Tufan, A., Savsar, B., Bulbul, A., Tonbul, Z., Guzel, E., Ayhan, D.H., Timucin, A.C., Onat, U.I., Bayram Akcapinar, G., et al. IJMS (2025)
  6. Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Chen, W., Wang, X., Sun, J., Wang, X., Zhu, Z., Ayhan, D.H., Yi, S., Yan, M., Zhang, L., Meng, T., et al. NATURE COMMUNICATIONS (2024)
  7. FoPGDB: a pangenome database of Fusarium oxysporum , a cross-kingdom fungal pathogen. Meng, T., Jiao, H., Zhang, Y., Zhou, Y., Chen, S., Wang, X., Yang, B., Sun, J., Geng, X., Ayhan, D.H., et al. DATABASE (2024)
  8. TEfinder: A Bioinformatics Pipeline for Detecting New Transposable Element Insertion Events in Next-Generation Sequencing Data. Sohrab, V., López-Díaz, C., Di Pietro, A., Ma, L.-J., and Ayhan, D.H. GENES (2021)
  9. The genome of opportunistic fungal pathogen Fusarium oxysporum carries a unique set of lineage-specific chromosomes. Zhang, Y., Yang, H., Turra, D., Zhou, S., Ayhan, D.H., DeIulio, G.A., Guo, L., Broz, K., Wiederhold, N., Coleman, J.J., et al. COMMUNICATIONS BIOLOGY (2020)

Akademik Özgeçmiş Özeti

Prof. Dr. Eda Tahir Turanlı, Acıbadem Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü (MBG), İstanbul, Türkiye’de Profesör olarak çalışmaktadır. Lisans diplomasını Nottingham Üniversitesi, Queen's Medical Hospital Genetik Bölümü’nden (1994), yüksek lisans diplomasını London Üniversitesi, Imperial College of Science and Technology, St. Mary's Medical School’dan almıştır (1995). 

2000 yılında Marmara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden doktora unvanını almıştır. Tahir Turanlı’nın araştırma alanları nadir ve karmaşık kalıtımlı hastalıklarının, özellikle otoeninflamatuvar ve nörodejeneratif, genetik ve epigenetik temellerinin araştırılmasını kapsamaktadır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Genomik
  • Genetik Risk Skor
  • Kompleks Kalıtım Genetiği
  • Epigenetik
  • Multipl Skleroz
  • Otoenflamatuvar Hastalıklar

Devam Eden Projeler

  1. 2023–2026 | Tahir Turanlı E., Onat U.İ., Timuçin A.C. Investigation of Functional Roles of LAMA5 Gene Variants Identified in a Cohort of Turkish Multiple Sclerosis Families on the Disease Pathophysiology. TÜBİTAK 1001 – Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı.
  2. 2024–2026 | Tahir Turanlı E. Multipl Sklerozda İmmün Yaşlanma ile Kronolojik ve Biyolojik Yaş İlişkisi: Transkriptomik ve Hücresel Düzeyde Araştırma. MS Derneği Destekli Araştırma Projesi.
  3. 2025–2027 | Tahir Turanlı E., Baykal A.T., Sezerman O.U., Tütüncü M., Timuçin E. Ailesel Multipl Skleroz Hastalarında Poligenik Risk Skorlarının ve Metabolit Profillerinin Kapsamlı Araştırılması. TÜSEB Ar-Ge Projesi.
  4. 2025–2027 | Tahir Turanlı E. Kronik Hastalıklar İçin Yapay Zekâ Destekli Genetik Risk Skor Analizi ve Klinik Karar Destek Mekanizması Geliştirilmesi. TÜBİTAK 1507 – KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı.

Seçilmiş Yayınlar

  1. Akalu Y, Taft J, Berger T, Rostásy K, Dafsari HS, …, Tahir Turanlı E., …, Bogunovic D.
    Human TBK1 Deficiency: An Expanded Spectrum from Autoinflammation to Viral Encephalitis. Journal of Human Immunity. 2026;2(2):e20250245. (SCI-Expanded)
  2. Guven Tasbicen G, Tufan A, Savsar B, Bulbul A, Tonbul Z, …, Tahir Turanlı E.
    Molecular Consequences of CCN6 Variants Encoding WISP3 in Progressive Pseudorheumatoid Dysplasia. International Journal of Molecular Sciences. 2025;26(18):8838. (SCI-Expanded)
  3. Büyükgöl F, Gürdamar B, Aluçlu MU, Beckmann Y, Bilguvar K, …, Siva A, Tahir Turanlı E.
    Exome Sequencing Reveals Low-Frequency and Rare Variant Contributions to Multiple Sclerosis Susceptibility in Turkish Families. Scientific Reports. 2025;15(1):11682. (SCI-Expanded)
  4. Özkılınç Önen M, Everest E, Demirci T, Köprülü Şen P, Kızıltepe Kısakesen E, …, Tahir Turanlı E.
    HLA-B Gene Methylation and Expression in Behçet's Syndrome: A Potential Role of Epigenetics in the Pathogenesis. Clinical and Experimental Rheumatology. 2024. (SCI-Expanded)
  5. Özkılınç Önen M, Onat Uİ, Uğurlu S, Timuçin AC, Öz Arslan D, …, Tahir Turanlı E.
    Detection of a Rare Variant in PSTPIP1 Through Three Generations in a Family with an Initial Diagnosis of FMF/MKD-Overlapping Phenotype. Rheumatology. 2023;62(9):3188–3196. (SCI-Expanded)
  6. Everest E, Uygunoğlu U, Tütüncü M, Bülbül AA, Onat Uİ, …, Tahir Turanlı E.
    Prospective Outcome Analysis of Multiple Sclerosis Cases Reveals Candidate Prognostic Cerebrospinal Fluid Markers. PLoS ONE. 2023;18(6). (SCI-Expanded)
  7. Everest E, Ahangari M, Uygunoğlu U, Tütüncü M, Bülbül A, …, Tahir Turanlı E.
    Investigating the Role of Common and Rare Variants in Multiplex Multiple Sclerosis Families Reveals an Increased Burden of Common Risk Variation. Scientific Reports. 2022;12(1):16984. (SCI-Expanded)
  8. Ahangari M, Everest E, Nguyen T, Verrelli BC, Webb BT, …, Tahir Turanlı E., Riley BP.
    Genome-Wide Analysis of Schizophrenia and Multiple Sclerosis Identifies Shared Genomic Loci with Mixed Direction of Effects. Brain, Behavior, and Immunity. 2022;104:183–190. (SCI-Expanded)
  9. Omarjee O, Mathieu AL, Quiniou G, Moreews M, Ainouze M, …, Tahir Turanlı E., …, Belot A.
    LACC1 Deficiency Links Juvenile Arthritis with Autophagy and Metabolism in Macrophages. Journal of Experimental Medicine. 2021;218(3):e20201006. (SCI-Expanded)

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Elçim Elgün Kırımlı, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesidir. Lisans (2004) ve yüksek lisans (2007) derecelerini Boğaziçi Üniversitesi Matematik Bölümü'nden almış, doktorasını Kanada'da University of Waterloo Matematik Fakültesi'nde teorik matematik alanında tamamlamıştır. Kuramsal çalışmaları fonksiyonel analiz ve soyut harmonik analiz alanlarındadır. 2018 yılından bu yana bu alanlardaki birikimini makine öğrenmesi ve istatistik teknikleriyle birleştirerek biyomedikal uygulamalara yönelik optimizasyon problemleri üzerine çalışmaktadır. 

Biyosensörler ve Hesaplamalı Biyotıp Laboratuvarı'nın eş yürütücüsü olup QCM biyosensörlerinde empedans spektroskopisi verisinin analizi, çok değişkenli tespit sınırı kuramı ve tıbbi görüntülerde derin öğrenme tabanlı segmentasyon konularına odaklanmaktadır. Fotokimya alanındaki gruplarla yürüttüğü ortak çalışmalarda ise deney tasarımı (DoE) ve makine öğrenmesi yaklaşımlarını fotodinamik terapi ajanlarının formülasyon ve etkinlik optimizasyonuna uygulamaktadır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları 

  • Fonksiyonel Analiz ve Soyut Harmonik Analiz
  • Makine Öğrenmesi ve İstatistiksel Veri Analizi
  • Biyosensörlerde Empedans Spektroskopisi Veri Analizi
  • Çok Değişkenli Tespit Sınırı (MLOD) ve Kemometri
  • Deney Tasarımı (DoE) ile Fotodinamik Terapi Ajanlarının Formülasyon Optimizasyonu
  • Tıbbi Görüntülemede Derin Öğrenme Tabanlı Segmentasyon
  • Optimizasyon ve Sayısal Algoritmalar

Devam Eden Projeler 

  • INSPIRE AI— Ortopedik sarkomlarda multimodal segmentasyon ve cerrahi güvenli sınır ölçümü için yapay zekâ (Prof. Dr. Levent Eralp ve Prof. Dr. Ahmet Salduz klinik yürütücüleri ile ISOLS projesi) 2) Akut böbrek hasarı (AKI) biyosensörü ve makine öğrenmesi entegrasyonu (TÜBİTAK 2515-Araştırmacı) 3) Makine öğrenmesi destekli deneysel tasarım ile ftalosiyanin antimikrobiyal fotodinamik terapi ajanlarının lignin-kapsüllenmesinin optimizasyonu (BAP, Yürütücü)

Seçilmiş Yayınlar 

  • An Investigation Into the Impact of Impedance Measurement Parameters on the Limit of Detection of QCM-D Using Machine Learning Model Chaining, Kırımlı C. E., Kırımlı E. E., Yüksel M. M., Tuğtağ S. Y., IEEE SENSORS JOURNAL, cilt.25, sa.3, ss.5688-5696, 2025
  • Kernel-Based Analysis of Impedance Spectroscopy in a Quartz Crystal Microbalance Biosensor, Kırımlı E. E., Kırımlı C. E., Zorba O., Burgun P. E., 18th International Workshop on Impedance Spectroscopy (IWIS), Chemnitz, Almanya, ss.13-18, 2025
  • Awareness and level of digital literacy among students receiving health-based education, Aydınlar A., Mavi A., Kütükçü E., Kırımlı E. E., Alis D. C., Akın A. ve ark., BMC MEDICAL EDUCATION, cilt.24, sa.1, 2024
  • Small world properties of schizophrenia and OCD patients derived from fNIRS based functional brain network connectivity metrics, Akın A., Yorgancıgil E., Öztürk O. C., Sütçübaşı B., Kırımlı C. E., Elgün Kırımlı E. E. ve ark., SCIENTIFIC REPORTS, cilt.14, sa.1, 2024
  • A Comparison of Impedance and Antenna Analyzers on the Basis of Machine Learning Assisted Limit of Detection Experiments, Kırımlı E. E., Kırımlı C. E., International Workshop on Impedance Spectroscopy (IWIS), Chemnitz, Almanya, ss.61-65, 2022
  • Machine learning approach to optimization of parameters for impedance measurements of Quartz Crystal Microbalance to improve limit of detection, Kırımlı C. E., Elgün E. E., Ünal U., BIOSENSORS AND BIOELECTRONICS: X, cilt.10, 2022
  • Structure of the Eberlein compactification of locally compact Heisenberg type group ZxTxT, Elgün E. E., SEMIGROUP FORUM, cilt.99, sa.2, ss.233-244, 2019
  • West semigroups as compactifications of locally compact abelian groups, Elgün E. E., SEMIGROUP FORUM, cilt.93, sa.1, ss.71-85, 2016

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Elif Aysimi Duman, lisans derecesini İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde, Psikoloji yüksek lisans ve Biyopsikoloji doktora derecelerini New York’taki Stony Brook Üniversitesi’nde tamamlamıştır. Doktora sonrası Boğaziçi Üniversitesi Psikoloji bölümünde 11 yıl öğretim üyesi olarak çalışmış, burada yürütücüsü olduğu Psikoepigenetik Laboratuvarı’nı kurmuş ve BABİP hamilelik kohortu dahil olmak üzere farklı yaşlardaki katılımcılarda stresle ilgili gen-çevre etkileşimlerini, epigenetik mekanizmaları ve bunlarla ilişkili nöroendokrin ve immün mekanizmaları inceleyen projeler yürütmüştür. 2023 yılında YÖK’ten Biyopsikoloji alanında Doçentlik ünvanını almıştır. 

Aynı yıl, 2018 yılında başlattığı BABİP hamilelik kohortu üzerinden ortak araştırmalar yürütmek üzere New York’taki Columbia Üniversitesi’ne Misafir Araştırmacı olarak katılmış, AB’de bünyesinde projelere dahil olmuştur. Bu ortaklıklarla, farklı ülkelerdeki hamilelik kohortlarıyla birlikte hamilelikteki çevresel ve fizyolojik yolaklar üzerinden sonraki neslin gelişimsel programlanmasını ve bunun altında yatan epigenetik mekanizmaları araştırmaktadır. 2023 yılı sonundan beri Acıbadem Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde öğretim üyesi olarak araştırmalarına devam etmekte, sinirbilim ve epigenetikle ilgili dersler vermektedir.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Gen-Çevre Etkileşimleri
  • Davranışsal Epigenetik
  • Davranışsal Sinirbilim
  • Erken Yaşam Stresinin Nesillerarası Etkileri
  • Psikonöroendokrinimmünoloji
  • Gelişimsel Programlama
  • Stres Fizyolojisi

Devam Eden Projeler

  1. AB Marie Sklodowska-Curie Aksiyonları Ortak Doktora Ağları Projesi: Healthy Transition to Preconception, Pregnancy and Parenthood, 2024 - 2029. (Danışma Kurulu Üyesi, Asosiye Partner) 
  2. AB COST Aksiyonu CA22114: Maternal Perinatal Stress and Adverse Outcomes in the Offspring: Maximising infants' development, 2023 - 2027. (Yönetim Kurulu Üyesi, Çalışma Grubu Eşbaşkanı, Çalışma Grubu Üyesi) 
  3. TUBITAK 1001 Araştırma Projesi: Intergenerational Transmission of Early Life Stress: Impact on Infant Development through Behavioral and Physiological Pathways, 2022 - 2026. (Yürütücü)

Seçilmiş Yayınlar

  1. Huang, Q., Shire, D., Hollis, F., Abuaish, S., Picard, M., Monk, C., Duman, E. A., & Trumpff, C. (2025). Associations between prenatal distress, mitochondrial health, and gestational age: Findings from two pregnancy studies in the USA and Turkey. Mitochondrion, 84: 102057.
  2. Caparros-Gonzalez, R. A., Ayers, S., Duman, E. A., Calleja, N., Calleja-Agius, J., Carone, N., … Garthus-Niegel, S. (2025). Maternal and infant (mental) health and development: our TREASURE – Introducing an EU COST Action on the impact of maternal perinatal stress. Journal of Reproductive and Infant Psychology, 43(3), 553–556.
  3. Christoforou, A., Duman, E. A., & Caparros-Gonzalez, R. A. (2025). Editorial: Intergenerational impacts of perinatal mental health, Frontiers in Psychiatry, 16:1542112. 
  4. Koning, S. M., Kessler, C. L., Canli, T., Duman, E. A., Adam, E. K., Zinbarg, R., Craske, M. G., Stephens, J., & Vrshek-Schallhorn, S. (2024). Accumulation, timing, and developmental context of early-life adversity are associated with SLC6A4 methylation in emerging adults: Results from a prospective cohort study. Psychoneuroendocrinology, 170, 107181.
  5. Duman, E. A. (2022). Mechanisms linking prenatal environment and child development: The case of BABIP birth cohort from Turkey. In H. H. Sen and H. Selin (Eds.), Childhood in Turkey: Sociological, Educational and Psychological Perspectives (123-135), Springer.
  6. Entringer, S., Scholaske, L.*, Kurt, M., Duman, E. A., Adam, E. K., Razum, O., & Spallek, J. (2022). Diurnal cortisol variation during pregnancy in Turkish origin and non-migrant women in a German birth cohort study. Journal of Psychosomatic Research, 111020.
  7. Spallek, J., Scholaske, L.*, Duman, E. A., Razum, O., & Entringer, S. (2021). Association of maternal migrant background with inflammation during pregnancy – Results of a birth cohort study in Germany. Brain, Behavior and Immunity, 96, 271-278.
  8. Duman, E. A., Atesyakar, N.*, & Ecevitoglu, A.* (2020). Multilevel impact of prenatal risk and protective factors on stress biology and infant development: Study protocol of BABIP prospective birth cohort from Turkey. Brain, Behavior, & Immunity Health, 1C 100005.                                                                                                                                                                  
  9. Duman, E. A. & Canli, T. (2015). Influence of life stress, 5-HTTLPR genotype and SLC6A4 methylation on gene expression and stress response in healthy Caucasian males. Biology of Mood and Anxiety Disorders, 5(2).
  10. Duman, E. A., Kriaucionis, S., Dunn, J. J., & Hatchwell, E. (2015). A simple modification to the luminometric methylation assay to control for the effects of DNA fragmentation. Biotechniques,58, 262-4. 

Akademik Özgeçmiş Özeti

Prof. Dr. Meltem Müftüoğlu, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoloji Bölümü'nden lisans (1991), Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı’ndan yüksek lisans (1995) ve doktora (2001) derecelerini almıştır. 

TÜBİTAK/NATO A2 bursu ile doktora çalışmalarını National Institutes of Health (NIH), National Institute on Aging (NIA), USA’da yürütmüştür. 2001-2004 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı’nda öğretim üyesi, 2004-2009 yılları arasında NIH, NIA’da doktora sonrası araştırmacı, 2009-2011 yılları arasında Kopenhag Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Hücresel ve Moleküler Tıp Bölümü’nde ve Center for Healthy Aging’de, 2011-2014 yılları arasında Koç Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı’nda öğretim üyesi olarak görev yapmıştır. 

2014 yılından itibaren Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Prof. Müftüoğlu, kanser ve nörodejeneratif hastalıkların etiyopatogenezinde ve ilaç direncinde rol oynayan çekirdek ve mitokondriyal DNA hasarı, DNA hasar yanıtı ve DNA onarım mekanizmalarının moleküler temellerini aydınlatmaya yönelik araştırmalarını yürütmektedir.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • DNA Hasarı ve DNA Onarım Mekanizmaları
  • Nükleer ve Mitokondriyal Genom Kararlılığı
  • Kanser Biyolojisi ve İlaç Direnci
  • Nörodejeneratif Hastalıklar (Alzheimer ve Parkinson Hastalığı)
  • Rekombinant Protein Biyokimyası
  • Protein Yapı–Fonksiyon İlişkileri

Devam Eden Projeler

  • Kasa invaziv mesane kanserinde ilaç direncinde DNA replikasyonu ve DNA onarım mekanizmalarının rolünün araştırılması ve terapötik hedef olarak değerlendirilmesi.
  • Kolorektal kanserde klinik önemi belirsiz yanlış eşleşme onarım (MMR) yolağı varyantlarının fonksiyonel karakterizasyonu.
  • Sporadik Parkinson ve Alzheimer hastalığında DNA hasarına yanıt ve DNA onarım mekanizmalarındaki varyantların tüm ekzom ve tüm genom dizileme (WES/WGS) yöntemleriyle belirlenmesi ve fonksiyonel olarak incelenmesi.

Seçilmiş Yayınlar

  1. Manto K, Ustun Yilmaz S, Pala Kara Z, Kara H, Tokat F, Akyerli CB, Uras C, Özbek U, Muftuoglu M. Association of Mitochondrial DNA Copy Number Variations with Triple-Negative Breast Cancer: A Potential Biomarker Study. Diseases. 2025 Jun 1;13(6):175. doi: 10.3390/diseases13060175. 
  2. Ustun Yilmaz S, Agaoglu NB, Manto K, Muftuoglu M, Özbek U. Cosmic Whirl: Navigating the Comet Trail in DNA: H2AX Phosphorylation and the Enigma of Uncertain Significance Variants. Genes (Basel). 2024 Jun 1;15(6):724. doi: 10.3390/genes15060724.
  3. Ekmekcioglu A, Gok O, Oz-Arslan D, Erdal MS, Yagan Uzuner Y, Muftuoglu M. Mitochondria-Targeted Liposomes for Drug Delivery to Tumor Mitochondria. Pharmaceutics. 2024 Jul 17;16(7):950. doi: 10.3390/pharmaceutics16070950. PMID: 39065647 .
  4. Somuncu B, Ekmekcioglu A, Antmen FM, Ertuzun T, Deniz E, Keskin N, Park J, Yazici IE, Simsek B, Erman B, Yin W, Erman B, Muftuoglu M. Targeting mitochondrial DNA polymerase gamma for selective inhibition of MLH1 deficient colon cancer growth. PLoS One. 2022 Jun 3;17(6):e0268391. doi: 10.1371/journal.pone.0268391.
  5. Ogulur I, Ertuzun T, Kocamis B, Kendir Demirkol Y, Uyar E, Kiykim A, Baser D, Yesil G, Akturk H, Somer A, Ozen A, Karakoc-Aydiner E, Muftuoglu M, Baris S. Parents of ataxia-telangiectasia patients display a distinct cellular immune phenotype mimicking ATM-mutated patients. Pediatr Allergy Immunol. 2021 Feb;32(2):349-357. doi: 10.1111/pai.13387.
  6. Keskin M. S., Antmen F. M., Somuncu B., Sağlıcan Y., Doganca T., Öbek C., Ince U, Kural AR, Muftuoglu M. 5-Hydroxyuracil Incision Activity Varies According to the Histological Grade of Non-muscle-invasive Bladder Cancer. Bulletin of Urooncology, 20, 45-48, 2021.
  7. Keskin M. S., Somuncu B., Müftüoğlu M. Bacillus Calmette-Guerin Increases Base Excision Repair in Bladder Cancer Cells. Journal of Urological Surgery, 8, 8-12, 2021.
  8. Somuncu B, Keskin S, Antmen FM, Saglican Y, Ekmekcioglu A, Ertuzun T, Tuna MB, Obek C, Wilson DM 3rd, Ince U, Kural AR, Muftuoglu M. Non-muscle invasive bladder cancer tissues have increased base excision repair capacity. Sci Rep. 2020 Oct 1;10(1):16371. doi: 10.1038/s41598-020-73370-z.
  9. Ertuzun T, Semerci A, Cakir ME, Ekmekcioglu A, Gok MO, Soltys DT, de Souza-Pinto NC, Sezerman U, Muftuoglu M. Investigation of base excision repair gene variants in late-onset Alzheimer's disease. PLoS One. 2019 Aug 15;14(8):e0221362. doi: 10.1371/journal.pone.0221362

Akademik Özgeçmiş Özeti

Prof. Dr. Mehmet Batu Erman, ABD'de Hamilton College'da lisans ve Brandeis Universitesi'nde doktora derecesini almış, 1998-2004 yılları arasında ABD NIH Ulusal Kanser Enstitüsünde doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. 

2004-2020 yılları arasıda Sabancı Üniversitesi, 2020-2023 yılları arasında Boğaziçi Üniversitesinde çalışmıştır. Halen Acıbadem Üniversitesi MBG Bölüm Başkanı olarak görev yapmaktadır. Moleküler Biyoloji Derneği kurucu üyelesi olarak ve 2020-2023 yılları arasında dernek başkanı olarak görev yapmıştır. Acıbadem Üniversitesi İnsan İmmunoloji Merkezini koordine etmektedir. 

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • İmmunoloji
  • Bağışıklık Sistemi
  • T Lenfositler
  • CAR-T Gibi İmmuno Terapiler
  • Anti-enflamatuvar İlaçlar

Devam Eden Projeler

  • TÜSEB-B Development of Nanobody Based Anti-Inflammatory Drugs Grant Number: 48046 2) TÜBİTAK-ARRS (Slovenia) Collaboration Program Grant for a project entitled “Development of a nanobody based medical diagnostic kit that detects Interleukin-1 Receptor Antagonist/Anakinra” Grant Number: 224N386 3) TÜBİTAK 1001 Grant for a project entitled "Identification of the mechanism of cell surface expression and activity of checkpoint inhibitor receptors" Grant Number: 324S695 4) TÜBİTAK 1001 Grant for a project entitled "Identification of the Role of ZBTB Transcription Factors in Immunodeficiency Diseases and DNA Damage Responses" Grant Number: 123Z458

Seçilmiş Yayınlar 

  • Catak,M. Can, S. Hubrack,S, Bayram Catak,F., Elmi,A., Babayeva,R., Amirov, R., Yorgun Altunbas,M., Bilgic Eltan, S, Ertem,D. Yilmaz,B. Koc,A, Batu Erman, Bozkurtlar, E. Karakoc-Aydiner,E. Ozen,A. Lo,B. Baris S.A homozygous CTLA-4 variant causes CTLA4 deficiency with severe immune dysregulation. J Hum Immun (2026) 2 (5): e20250227. DOI: 10.70962/jhi.20250227 
  • Ezen,E. Çatak,MC Bayram Çatak,F Piepoli,S, Zahedimaram,P. Ültanır,E, Barış,S., Batu Erman Structure and Function of the LRBA protein (2024) Turkish Journal of Immunology 12, (Suppl. 1) 1-10. DOI: 10.4274/tji.galenos.2023.21939. 
  • Bilgic Eltan,S.; Nain E.; Catak, MC; Ezen, E.; Sefer, AP; Karimi, N.; Kiykim, A.; Kolukisa, B.; Baser, D; Bulutoglu,A.; Kasap, N.; Yorgun Altunbas, M; Yalcin Gungoren, E; Kendir Demirkol, Y; Kutlug, S; Hancioglu, G; Dilek, F; Yildiran, A; Ozen, A; Karakoc-Aydiner, E; Batu Erman; Baris S, Evaluation of Clinical and Immunological Alterations Associated with ICF Syndrome (2024) Journal of Clinical Immunology 44, 26 DOI:10.1007/s10875-023-01620-6.  
  • Barakat, S; Ezen, E; Devecioğlu, İ; Gezen, M.; Piepoli, S.; Erman, B. "" Dimerization Choice and Alternative Functions of ZBTB Transcription Factors"" (2023) The FEBS Journal, DOI: 10.1111/febs.16905. 
  • Piepoli,S. Barakat,S. Nogay,L., Şimşek,B., Akkose,U. Taskiran,H. Tolay,N. Gezen,M. Yeşilada, C.Y., Tuncay, M., Adebali,O. Atilgan,C. Erman,B. “Sibling rivalry among the ZBTB transcription factor family: homo vs. heterodimers” (2022), Life Science Alliance Sep 12;5(11):e202201474. doi: 10.26508/lsa.202201474 
  • Barakat, S., Zahedimaram, P., Berksoz, M., Piepoli, S., Erman, B. “Nanobodies as molecular imaging probes” (2022) Free Radical Biology and Medicine DOI : 10.1016/j.freeradbiomed.2022.02.031   
  • Piepoli, S. Alt, AO. Atilgan,C. Mancini, EJ. and Erman, B. Structural Analysis of the PATZ1 BTB domain homodimer (2020) Acta Crystallographica Section D. Jun 1;76(Pt 6):581-593. DOI: 10.1107/S2059798320005355
  • Piepoli, S. Alt, AO. Atilgan,C. Mancini, EJ. and Erman, B. Structural Analysis of the PATZ1 BTB domain homodimer (2020) Acta Crystallographica Section D. Jun 1;76(Pt 6):581-593. DOI: 10.1107/S2059798320005355
  • Deniz E, Erman B. Long noncoding RNA (lincRNA), a new paradigm in gene expression control (2016) Funct Integr Genomics DOI: 10.1007/s10142-016-0524-x

 

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Nazan Saner, lisans ve yüksek lisans derecelerini Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde tamamlamış; doktora derecesini ise Birleşik Krallık’ta Dundee Üniversitesi'nden almıştır. Doktora projesi ve aynı laboratuvarda yürüttüğü doktora sonrası çalışmaları kapsamında, canlı hücre görüntüleme yöntemlerini kullanarak mayada S evresindeki replikasyon fabrikalarının organizasyonunu incelemiştir. Daha sonra Koç Üniversitesi Hücre Biyolojisi ve Proteomik Laboratuvarı'nda doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmış; ileri proteomik ve mikroskopi tekniklerden yararlanarak kanser hücresi etkileşimlerini ve hücre bölünme mekanizmalarını araştırmıştır. 

2025 yılından itibaren Acıbadem Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Çalışmaları çeşitli proteinlerin hücre döngüsüne bağlı olarak değişen interaktomlarının tanımlanması, bu proteinlerin hücre bölünmesindeki moleküler işlevlerinin anlaşılması ve hücre bölünmesinde rol oynayan yeni proteinlerin keşfi üzerine yoğunlaşmaktadır. Dr. Saner, çalışmalarını yürütmek üzere bugüne kadar çeşitli TÜBİTAK araştırma destekleri almaya hak kazanmıştır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Hücre Biyolojisi
  • Proteomik
  • Hücre Bölünmesi
  • Protein-Protein Etkileşimleri

Devam Eden Projeler

  • Hücre bölünmesine özgü fosfo-Ki67 antikorlar ile Ki67’nin mitotik biyobelirteç olarak yeniden değerlendirilmesi ve Ki67’nin hücre bölünmesindeki moleküler fonksiyonunun araştırılması (TÜBİTAK 1001, Yürütücü)

Seçilmiş Yayınlar

  1. Saner, N, Uzun C, Kırım BA, Özkan SN, Geiszler DJ, Öztürk E, Tunçbağ N, Özlü N. 2025. Proximity Labeling and SILAC-Based Proteomic Approach Identifies Proteins at the Interface of Homotypic and Heterotypic Cancer Cell Interactions. Molecular & Cellular Proteomics. 24, 100986. https://doi.org/10.1016/j.mcpro.2025.100986
  2. Vural A, Şimşir G*, Tekgül Ş*, Koçoğlu C, Akçimen F, Kartal E, Şen NE, Lahut S, Ömür Ö, Saner N, Gül T, Bayraktar E, Palvadeau R, Tunca C, Pirkevi Çetinkaya C, Gündoğdu Eken A, Şahbaz I, Kovancılar Koç M, Öztop Çakmak Ö, Hanağası H, Bilgiç B, Eraksoy M, Gündüz A, Apaydın H, Kızıltan G, Özekmekçi S, Siva A, Altıntaş A, Kaya Güleç ZE, Parman Y, Oflazer P, Deymeer F, Durmuş H, Şahin E, Çakar A, Tüfekçioğlu Z, Tektürk P, Çorbalı MO, Tireli H, Akdal G, Yiş U, Hız S, Şengün İ, Bora E, Serdaroğlu G, Erer Özbek S, Ağan K, İnce Günal D, Us Ö, Kurt SG, Aksoy D, Bora Tokçaer A, Elmas M, Gültekin M, Kumandaş S, Acer H, Kaya Özçora GD, Yayla V, Soysal A, Genç G, Güllüoğlu H, Kotan D, Özözen Ayas Z, Şahin HA, Tan E, Topçu M, Topçuoğlu ES, Akbostancı C, Koç F, Ertan S, Elibol B, Başak AN. 2021. The Complex Genetic Landscape of Hereditary Ataxias in Türkiye and Implications in Clinical Practice. Movement Disorders. 36(7):1676-1688. https://doi.org/10.1002/mds.28518 
  3. Uretmen Kagiali ZC, Saner N, Akdag M, Sanal E, Degirmenci BS, Mollaoglu G, Ozlu N. 2020. CLIC4 and CLIC1 bridge plasma membrane and cortical actin network for a successful cytokinesis. Life Science Alliance. 3:e201900558. http://doi.org/10.26508/lsa.201900558.
  4. Hawkins M, Retkute R, Müller CA, Saner N, Tanaka TU, de Moura APS, Nieduszynski CA. 2013. High-resolution replication profiles define the stochastic nature of genome replication initiation and termination. Cell Reports. 5:1132-1141. http://doi.org/10.1016/j.celrep.2013.10.014.
  5. Saner N, Karschau J, Natsume T, Gierliński M, Retkute R, Hawkins M, Nieduszynski CA, Blow JJ, de Moura APS, Tanaka TU. 2013. Stochastic association of neighboring replicons creates replication factories in budding yeast. Journal of Cell Biology. 202:1001-1012. http://doi.org/10.1083/jcb.201306143. 
  6. Fogarty S, Hawley SA, Green KA, Saner N, Mustard KJ, Hardie DG. 2010. Calmodulin-dependent protein kinase kinase-beta activates AMPK without forming a stable complex: synergistic effects of Ca2+ and AMP. Biochemical Journal. 426:109-118. http://doi.org/10.1042/BJ20091372.

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Nazlı Keskin, 2008 yılında Marmara Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü lisans programından mezun olmuştur. Sabancı Üniversitesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Programı’nda immünoloji alanında yaptığı çalışmalarla yüksek lisans derecesini 2010 yılında, kanser moleküler biyolojisi alanında yaptığı çalışmalarla doktora derecesini 2014 yılında almıştır. 2014-2015 yılları arasında Sabancı Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmalarına devam etmiştir. 

2015-2018 yılları arasında Okan Üniversitesi, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü’nde doktor öğretim üyesi olarak çalışmış ve 2016-2018 yılları arasında yine aynı bölümde bölüm başkanı olarak görev yapmıştır. Eylül 2018’den itibaren Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde doktor öğretim üyesi olarak çalışmaktadır. Araştırmaları, kanser moleküler biyolojisi üzerine odaklanmaktadır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Kanser Moleküler Biyolojisi
  • Mutant p53
  • Glioblastoma
  • Biyobelirteç Keşfi
  • Protein-Protein Etkileşimlerinin Hedeflenmesi

Devam Eden Projeler

  1. GAL3ST4 Aşırı İfadesinin Glioblastoma Hücreleri Üzerindeki Etkilerinin İncelenmesi (ACU, ABAPKO, Yürütücü)
  2. Karbon Kuantum Noktalarının PEGilasyonunun ve Pep8d Etkileşimlerinin Hücre Canlılığına, Apoptoza ve Hücre Lokalizasyonuna Etkisinin Araşjrılması (ACU, ABAPKO, Araştırmacı)

Seçilmiş Yayınlar

  1. Somuncu B, Ekmekcioglu A, Antmen FM, Ertuzun T, Deniz E, Keskin N, Park J, Yazici IE, Simsek B, Erman B, Yin W, Erman B, Muftuoglu M. Targeting mitochondrial DNA polymerase gamma for selective inhibition of MLH1 deficient colon cancer growth. PLoS One. 2022 Jun 3;17(6):e0268391. doi: 10.1371/journal.pone.0268391.
  2. Keskin, N., Deniz, E., Eryilmaz, J., Un, M., Batur, T., Ersahin, T., Cetin Atalay, R., Sakaguchi, S., Ellmeier, W., & Erman, B. (2015). PATZ1 Is a DNA Damage-Responsive Transcription Factor That Inhibits p53 Function. Molecular and cellular biology, 35(10), 1741–1753. https://doi.org/10.1128/MCB.01475-14
  3. Cevik, S. I., Keskin, N., Belkaya, S., Ozlu, M. I., Deniz, E., Tazebay, U. H., & Erman, B. (2012). CD81 interacts with the T cell receptor to suppress signaling. PloS one, 7(11), e50396. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0050396

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Tolga Sütlü lisans derecesini 2004 yılında Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik alanında Sabancı Üniversitesi'nden aldı. 2012 yılında Karolinska Enstitüsü’nde Tıbbi Bilimler doktorasını tamamladı. Karolinska Üniversitesi Hastanesi Huddinge Hematoloji ve Rejeneratif Tıp Merkezi'ndeki doktora sonrası çalışmalarının ardından Türkiye’ye dönerek 2014-2019 yılları arasında Sabancı Üniversitesi'nde kendi araştırma grubunu kurdu. Sonrasında Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde 2022 yılına kadar öğretim üyesi olarak görev yaptı. Mayıs 2023'ten bu yana Acıbadem Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.

Araştırmaları kanser immünolojisi ve immünoterapisi üzerine odaklanmaktadır. Kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarına yönelik biyoteknolojik süreçlerin tasarımı ve optimizasyonuyla yakından ilgilenmektedir ve özellikle bağışıklık sistemi hücrelerinin ex vivo kültür ve genetik modifikasyon yoluyla kanser dokusuna hedeflenmesine odaklanmaktadır.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Kanser İmmünolojisi
  • Kanser İmmünoterapisi
  • NK hücreleri
  • Hücre ve Gen Tedavisi
  • Otoimmünite
  • Biyolojik İlaçlar

Devam Eden Projeler

  • Melanom Antijenlerine Spesifik T Hücresi Reseptörleri ile Modifiye Edilen Doğal Öldürücü Hücrelerin Kanser Aşısı Olarak Geliştirilmesi (TÜBİTAK 1003 – Yürütücü))
  • Kanser İmmünoterapisi İçin TCR-NK Hücre Tedavilerinin Geliştirilmesi (TÜBİTAK BİDEB-2247-A Ulusal Lider Araştırmacılar Programı - Yürütücü)
  • Kanser İmmünoterapisi için Doğal Öldürücü Hücrelerin Sitotoksik Aktivitesinin Genetik Modifikasyonlar ile Geliştirilmesi (Acıbadem Üniversitesi BAP Genel Araştırma Projesi - Yürütücü)
  • Myasthenia Gravisde Timik Ve Periferik B Hücreleri: Yeni Moleküler Hedeflerin Araştırılması (TÜBİTAK 1001 - Araştırmacı)
  • Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (TÜBİTAK 1004 – Araştırmacı)

Seçilmiş Yayınlar

  • Kok N, Ozkazanc D, van Vliet AA, Steenmans D, Singh SP, Sutlu T, Georgoudaki AM, Raimo M, Spanholtz J, Duru AD. CD28 signaling domain boosts persistence and in vivo anti-tumor activity of stem cell-derived CD19-CAR-NK cells. iScience. 2025 June 20, Volume 28, Issue 6, 112548. https://doi.org/10.1016/j.isci.2025.112548 
  • Karahan ZS, Aras M, Sütlü T. TCR-NK Cells: A Novel Source for Adoptive Immunotherapy of Cancer. Turk J Haematol. 2023 Feb 28;40(1):1-10. doi: 10.4274/tjh.galenos.2022.2022.0534.
  • Mete B, Pekbilir E, Bilge BN, Georgiadou P, Çelik E, Sutlu T, Tabak F, Sahin U. Human immunodeficiency virus type 1 impairs sumoylation. Life Sci Alliance. 2022 Feb 18;5(6):e202101103. doi: 10.26508/lsa.202101103. 
  • Nahi H, Chrobok M, Meinke S, Gran C, Marquardt N, Afram G, Sutlu T, Gilljam M, Stellan B, Wagner AK, Blomberg P, Holmqvist PH, Walther-Jallow L, Mellström K, Liwing J, Gustafsson C, Månsson R, Klimkowska M, Gahrton G, Lund J, Ljungman P, Ljunggren HG, Alici E. Autologous NK cells as consolidation therapy following stem cell transplantation in multiple myeloma. Cell Rep Med. 2022 Jan 28;3(2):100508. doi: 10.1016/j.xcrm.2022.100508. 
  • Sayitoglu EC, Georgoudaki AM, Chrobok Ö, Ozkazanc D, Josey BJ, Arif M, Kusser M, Hartman M, Chinn TM, Potens R, Pamukcu C, Krueger R, Zhang C, Mardinoglu A, Alici E, Temple HT, Sutlu T and Duru AD. Boosting Natural Killer Cell-Mediated Targeting of Sarcoma Through DNAM-1 and NKG2D. Front. Immunol., 28 January 2020 https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00040
  • Yoyen-Ermis D, Tunali G, Tavukcuoglu E, Horzum U, Ozkazanc-Unsal D, Sutlu T, Buyukasik Y and Esendagli G. Myeloid maturation potentiates STAT3-mediated atypical IFN-γ signaling and upregulation of PD-1 ligands in AML and MDS. Sci Rep. 2019 Aug 12;9(1):11697. doi: 10.1038/s41598-019-48256-4.
  • Parlar A, Sayitoglu EC, Ozkazanc D, Georgoudaki AM, Pamukcu C, Aras M, Josey BJ, Chrobok M, Branecki S, Zahedimaram P, Ikromzoda L, Alici E, Erman B, Duru AD and Sutlu T. Engineering antigen-specific Natural Killer cell lines against the melanoma-associated antigen tyrosinase via TCR gene transfer. Eur J Immunol. 2019 May 04. doi.org/10.1002/eji.201948140
  • Kahraman T, Gucluler G, Simsek I, Yagci FC, Yildirim M, Ozen C, Dinc A, Gursel M, Ikromzoda L, Sutlu T, Gay S and Gursel I. Circulating LL37 targets plasma extracellular vesicles to immune cells and intensifies Behçet’s Disease severity. J Extracell Vesicles. 2017 Feb 28;6(1):1284449.
  • Sutlu T, Gilljam M, Stellan B and Alici E. Inhibition of intracellular anti-viral defense mechanisms augments lentiviral transduction of human natural killer cells: implications for gene therapy. Human Gene Therapy. 2012 Oct;23(10):1090-100.
  • Sutlu T, Stellan B, Gilljam M, Quezada HC, Nahi H, Gahrton G, Alici E. Clinical-grade, large-scale, feeder-free expansion of highly active human natural killer cells for adoptive immunotherapy using an automated bioreactor. Cytotherapy.  2010 Dec;12(8):1044-55.

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Zeynep Tokcaer Keskin, ODTÜ Biyoloji lisans ve yüksek lisans eğitiminden sonra doktora eğitimini Bilkent Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde kök hücre biyolojisi odağıyla tamamlamıştır. Doktora sonrası çalışmalarını ise NYU Medical Center ve Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik Bölümünde yine kök hücre alanında gerçekleştirmiştir. 2015 yılından bu yana Acıbadem Üniversitesi'nde öğretim üyesi olarak kök hücre ve kanser alanlarında çalışmalarına devam etmektedir.

Anabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik

Araştırma Alanları

  • Akciğer Kanseri
  • MikroRNAlar
  • Over Kanseri
  • Kanser Kök Hücreleri
  • Kök Hücrelerin Rejeneratif Uygulamaları

Devam Eden Projeler

  1. Akciğer kanserinde IL7RA 3'UTR mutasyonlarının mikroRNA'lar ekseninde incelenmesi.
  2. Overkanseri hastalarında kanser kök hücre popülasyonuna yönelik hedef gen keşfi ve araştırması

Seçilmiş Yayınlar

  1. Congur, I., E. Koni, and Z. Tokcaer Keskin. ""SLPI overexpression in A549 lung adenocarcinoma cells promotes migration and metastasis."" FEBS OPEN BIO. Vol. 15. 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA: WILEY, 2025.
  2. Tokcaer Keskin, Zeynep. “In Silico Analysis of IL7RA Missense Mutations in Lung, Breast and Skin Cancers”. Trakya University Journal of Natural Sciences, vol. 26, no. 1, Apr. 2025, pp. 9-17, doi:10.23902/trkjnat.1545678.
  3. Koni E, Congur I and Tokcaer Keskin Z (2024) Overexpression of CXCL17 increases migration and invasion of A549 lung adenocarcinoma cells. Front. Pharmacol. 15:1306273. doi: 10.3389/fphar.2024.1306273
  4. Congur I, Koni E, Onat OE, Tokcaer Keskin Z. 2023. Meta-analysis of commonly mutated genes in leptomeningeal carcinomatosis. PeerJ 11:e15250
  5. VURAL, R, ÇELİK, D, PEKER, E. B, KÖNİ, E, KULAÇ, A. A, & KESKİN, Z. T (2022). MTHFR C677T mutation affects adipogenic differentiation abilities of human bone marrow-derived mesenchymal stem cells. Turkish Journal of Biology 46 (5): 375-387
Acu Helpdesk