Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Kalite Güvence Sistemi olarak Avrupa Kalite Yönetimi Vakfı tarafından geliştirilmiş olan EFQM Mükemmellik Modelini benimsenmiştir.
Buna göre Üniversitemizde eğitim-öğretim, araştırma-geliştirme, girişimcilik, toplumsal katkı, uluslararasılaşma ve yönetsel süreçlerde sunulan hizmetlerde iç kontrol mekanizmalarının aktif olarak kullanıldığı, verimlilik ve sürdürülebilir mükemmelliği esas alan anlayış ile "kalite odaklı" yönetim sistemi uygulanmaktadır.