Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik AD ve Tıbbi Biyoloji AD öğretim üyeleri Prof. Dr. Uğur ÖZBEK ve Doç. Dr. Özden HATIRNAZ NG’nin yürütücülüğünde gerçekleştirilen çalışma PLOS ONE dergisinin Aralık 2021 sayısında yayınlandı

Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik AD ve Tıbbi Biyoloji AD öğretim üyeleri Prof. Dr. Uğur ÖZBEK ve Doç. Dr. Özden HATIRNAZ NG’nin yürütücülüğünde gerçekleştirilen “Mutational landscape of SARS-CoV-2 genome in Turkey and impact of mutations on spike protein structure” başlıklı çalışma PLOS ONE dergisinin Aralık 2021 sayısında yayınlandı. Çalışmada Mayıs 2021 tarihine kadar Türkiye’de gözlenmiş ve GISAID veri tabanında yer alan, COVID-19 hastalarına ait SARS-CoV-2 genom dizileme sonuçlarının analizleri, mutasyon taramaları ve bu mutasyonların virüs Spike proteini üzerine etkileri incelendi.Ozden Hatirnaz Ng, Sezer Akyoney, Ilayda Sahin, Huseyin Okan Soykam, Gunseli Bayram Akcapinar, Ozkan Ozdemir, Derya Dilek Kancagi, Gozde Sir Karakus, Bulut Yurtsever, Ayse Sesin Kocagoz, Ercument Ovali, Ugur Ozbek ekibince gerçekleştirilen çalışmada, T.C. Sağlık Bakanlığı ve Türkiye’deki akademik kurumlar ve özel sağlık kuruluşları tarafından gerçekleştirilen dizileme çalışmalarından elde edilen 4607 viral genom verisinin toplu analizi yapıldı. Böylece ülkemizde bugüne kadar gözlenen SARS-CoV-2 varyantlarının tespiti ve belirli zaman aralıklarındaki görülme sıklıkları belirlendi ve virüsün zaman içindeki evrimsel değişimi, hazırlanan detaylı filogenetik ağaç ile gösterildi. GISAID veri tabanından elde edilen sayısal veriler ile varyantların ve filogenetik dallanma sonucu ayrılan SARS-CoV-2 alt tiplerinin Türkiye, Avrupa, Asya ve ABD’de görülme sıklıkları ve vaka sayıları ile karşılaştırılarak tartışıldı. Ayrıca Acıbadem Sağlık Kuruluşları’nda tedavi gören hastalardan elde edilen ve Acıbadem LabCell laboratuvarlarında kültüre edilen 13 SARS-CoV-2 genomunun yeni nesil dizileme teknolojileri ile dizilenip biyoinformatik analizlerle mutasyonlarının ortaya çıkartılması ve bu mutasyonların Spike proteini üzerine etkilerinin 3B simülasyon yöntemleri ile modellenmesi de gerçekleştirildi.

Bu çalışma ülkemizde elde edilen SARS-CoV-2 viral genom verilerinin tümünün analiz edilmesi açısından önemli bulgular sağlamaktadır. Elde edilen veriler, virüs genomu dizilemelerinin yeni mutasyonların keşfi, viral yayılımın takibi ve aşılama programlarının ilerlemesi açılarından önemini göstermektedir. 

Çalışmaya ulaşmak için tıklayınız.