Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı, 2009 yılında faaliyete geçmiştir. Çocuk Cerrahisi 0-18 yaş grubundaki çocukların gastrointestinal sistem, ürogenital sistem, kalp dışında toraks boşluğu ve baş-boyun bölgesinin cerrahi hastalıklarını tedavi eden bir disiplindir.
Doğumsal hastalıklar çocuk cerrahisi uygulamaları içinde önemli bir yer tutmaktadır. Tıp Fakültesi öğrencilerine 3. sınıfta teorik, 4 sınıfta da Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları – Çocuk Cerrahisi staj bloğu içinde teorik ve pratik eğitim verilmektedir.