Biyomedikal Mühendisliği Araştırma Alanları

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Ayşegül Kavas, lisans derecesini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden; yüksek lisans ve doktora derecelerini ise aynı üniversitenin Mühendislik Bilimleri Bölümü’nden almıştır. Doktorasını tamamlamasının ardından Başkent, Çankaya ve Atılım Üniversitelerinde öğretim görevlisi olarak hizmet vermiştir. 

Aynı zamanda Bimetron Biyoteknoloji Tıbbi Elektronik Mühendislik Sanayi ve Ticaret Ltd. Şti. bünyesinde araştırma ve geliştirme mühendisi olarak çalışmıştır. ABD'deki Pittsburgh Üniversitesi Tıp Fakültesi Göz Hastalıkları Anabilim Dalı’nda ise oftalmik biyomalzemeler üzerine doktora sonrası çalışmalarını yürütmüştür. 

2024 yılından itibaren Acıbadem Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü’nde görev yapmakta ve çalışmalarını Biyomalzeme Merkezi’nde sürdürmektedir. Temel araştırma alanları; kontrollü ilaç salım sistemleri, biyo-hidrojeller, osteoartrit tedavisinde kullanılan biyoaktif ajanlar, kök hücreler, kondrositler ve oftalmik biyomalzemelerdir.

Araştırma Alanları

• Kontrollü İlaç Salım Sistemleri
• Biyohidrojeller
• Osteoartrit Tedavisinde Kullanılan Biyoaktif Ajanlar
• Kök Hücreler
• Kondrositler
• Oftalmik Biyomalzemeler

Devam Eden Projeler

• Single-dose hydrogel vaccine adjuvant for sustained antigen release and promoting broadly neutralizing antibodies başlıklı” proje Bill & Melinda Gates Foundation ve Çin Bilimler Akademisi tarafından desteklenmektedir (Araştırmacı).

Seçilmiş Yayınlar

• Kavas A., Keskin D., Altunbaş K., Tezcaner A. Raloxifene-/raloxifene-poly(ethylene glycol) conjugate-loaded microspheres: A novel strategy for drug delivery to bone forming cells. International Journal of Pharmaceutics. 2016; 510(1): 168-183.
• Kavas A., Cagatay S.T., Banerjee S., Keskin D., Tezcaner A. Potential of Raloxifene in reversing osteoarthritis-like alterations in rat chondrocytes: an in vitro model study. Journal of Biosciences. 2013; 38(1): 135-147.
• Kavas A., Özdemir M., Gürses S., Keskin D., Tezcaner A. In vitro investigation and   biomechanical modeling of the effects of PLF-68 on osteoarthritis in a three-dimensional model. Biomechanics and modeling in mechanobiology. 2011; 10(5): 641-650.
• Akpinar O., Ak O., Kavas A., Bakir U., Yilmaz L. Enzymatic production of xylooligosaccharides from cotton stalks. Journal of Agricultural and Food Chemistry. 2007; 55: 5544-5551.

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Bükem Tanören, 1998 yılında Boğaziçi Üniversitesi Fizik Bölümü'nden lisans derecesini almıştır. Yüksek lisans derecesini yine aynı bölümden 2001 yılında Katı Hal Fiziği alanında almıştır. Yüksek lisans çalışmaları sırasında ayrıca, Avrupa Nükleer Araştırma Merkezi'nde (CERN) ATLAS deneyinde de yer almıştır. 

Doktora derecesini de aynı bölümden 2007 yılında, Optik Sensör konusu üzerine yaptığı araştırma ile almıştır. Sonrasında Optik Nem Sensörü geliştirme amacıyla, Boğaziçi Üniversitesi Fizik Bölümü'nde, doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. 2008 yılında Doğuş Üniversitesi'nde Öğretim Üyesi olarak çalışmaya başlayarak, Türk Hızlandırıcı Merkezi Projesi'ne destek vermiştir. 2010 yılında Londra Universitesi (University College London) Fizik ve Astronomi Bölümü'nde araştırmacı olarak çalışmıştır. 

Türkiye'ye döndükten sonra akademisyen olarak Yeditepe Üniversitesi ve Piri Reis Üniversitesi'nde çalışmıştır. 2016 yılında Boğaziçi Üniversitesi Fizik Bölümü'ne doktora sonrası araştırmacı olarak dönerek, T. C. Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığı'nın desteklediği Multimodal Biyomedikal Mikroskopi Geliştirme Projesi'nde çalışmaya başlamıştır. 2020 yılında Acıbadem Üniversitesi Tıp Mühendisliği Bölümü'ne gelmiş, sonrasında Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi'nde kurulan Temel Bilimler Bölümü'nün bölüm başkanı olmuştur.

Anabilim Dalı: Temel Bilimler

Araştırma Alanları 

• Biyoenstrümantasyon ve MEMS,
• Piezoelektrik Plaka Sensörler (PEPS), 
• QCM Biyosensörleri ve Empedans Spektroskopisi
• Nükleik Asit ve Peptit Tabanlı Biyoalgılama
• Mikroakışkan Sistemler ve Organ-Çip Platformları
• Nokta-Bakım (point-of-care) Tanı Sistemleri
• Biyomedikal Ölçüm ve Okuma Devreleri

Seçilmiş Yayınlar

• Preparation of Nanoparticle-Immobilized Gold Surfaces for the Reversible Conjugation of Neurotensin Peptide, Gök H., Göl D., Temur B. Z., Türkan N., Can Ö., Kırımlı C. E. ve ark., BIOMOLECULES, cilt.15, sa.6, 2025
• An Investigation Into the Impact of Impedance Measurement Parameters on the Limit of Detection of QCM-D Using Machine Learning Model Chaining, Kırımlı C. E., Kırımlı E. E., Yüksel M. M., Tuğtağ S. Y., IEEE SENSORS JOURNAL, cilt.25, sa.3, ss.5688-5696, 2025
• Hydrogel-Integrated Heart-on-a-Chip Platform for Assessment of Myocardial Ischemia Markers, Ateş B., Eroğlu T., Şahsuvar S., Kırımlı C. E., Kocatürk O., Şenay Ş. ve ark., ACS OMEGA, cilt.9, sa.41, ss.42103-42115, 2024
• Small world properties of schizophrenia and OCD patients derived from fNIRS based functional brain network connectivity metrics, Akın A., Yorgancıgil E., Öztürk O. C., Sütçübaşı B., Kırımlı C. E., Elgün Kırımlı E. E. ve ark., SCIENTIFIC REPORTS, cilt.14, sa.1, 2024
• A Novel Peptide-Based Detection of SARS-CoV-2 Antibodies, Bulut A., Temur B. Z., Kırımlı C. E., Gök Ö., Balcıoğlu B. K., Öztürk H. U. ve ark., BIOMIMETICS, cilt.8, sa.1, 2023
•  Machine learning approach to optimization of parameters for impedance measurements of Quartz Crystal Microbalance to improve limit of detection, Kırımlı C. E., Elgün E. E., Ünal U., BIOSENSORS AND BIOELECTRONICS: X, cilt.10, 2022
• Rapid, label-free genetic detection of enteropathogens in stool without genetic isolation or amplification, Han S., Soylu M. Ç., Kırımlı C. E., Wu W., Sen B., Joshi S. G. ve ark., BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, cilt.130, ss.73-80, 2019
• In situ, amplification-free double-stranded mutation detection at 60 copies/ml with thousand-fold wild type in urine, Kırımlı C. E., Lin S., Su Y., Shih W., Shih W. Y., BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, cilt.119, ss.221-229, 2018
• Amplification-free in situ KRAS point mutation detection at 60 copies per mL in urine in a background of 1000-fold wild type, Kırımlı C. E., Shih W., Shih W. Y., ANALYST, cilt.141, sa.4, ss.1421-1433, 2016
• DNA hybridization detection with 100 zM sensitivity using piezoelectric plate sensors with an improved noise-reduction algorithm, Kırımlı C. E., Shih W., Shih W. Y., ANALYST, cilt.139, sa.11, ss.2754-2763, 2014.

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Hande Argunşah, lisans eğitimini Bahçeşehir Üniversitesi Endüstri Mühendisliği Bölümü'nde, yüksek lisans eğitimini Kent State University Technology Programı'nda, doktora eğitimini ise Cleveland State University Biyomedikal Mühendisliği Programı'nda tamamlamıştır. 2024 yılında Biyomedikal Mühendisliği alanında doçent unvanını almıştır. 

Halen Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmakta olup biyomekanik, hareket analizi, giyilebilir sensör teknolojileri, dijital sağlık, yapay zekâ destekli klinik karar sistemleri ve nörorehabilitasyon alanlarında araştırmalar yürütmektedir. 

Akademik çalışmalarının yanı sıra TÜBİTAK ve TÜSEB destekli ulusal projelerde yürütücü ve araştırmacı olarak görev almakta; klinik ve mühendislik disiplinlerini bir araya getiren translasyonel araştırmalara odaklanmaktadır.

Araştırma Alanları

• Hareket Analizi ve Biyomekanik
• Giyilebilir Sensör Sistemleri
• Yapay Zeka Destekli Sağlık Teknolojileri
• Dijital Sağlık ve Klinik Karar Destek Sistemleri
• Nörorehabilitasyon
• Kas-İskelet Sistemi Biyomekaniği 

Devam Eden Projeler

• TÜBİTAK 1001 – Parkinson Hastalarında Denge ve Yürüme Bozukluklarının Değerlendirilmesine Yönelik Giyilebilir Çözümler (Proje Yürütücüsü) 2. TÜBİTAK 1004 – Nöroteknoloji Platformu (Araştırmacı) 3. TÜSEB – Çocuklar İçin Yapay Zekâ Destekli Taşınabilir Egzersiz Sistemi (Araştırmacı) 4. TÜBİTAK 1002 – Derin Öğrenme ile Diz Osteoartriti Şiddet Tahmini (Danışman) 
   

Seçilmiş Yayınlar

• Dynamic Infrared Thermography Reveals Bilateral Thermal Recovery Asymmetry in Scoliosis
  Dumlu S. N., Albayrak A., Argunsah H.
• JOURNAL OF CLINICAL MEDICINE, cilt.15, ss.1-16, 2026 (SCI-Expanded) Phase-Specific Biomechanical Reorganization After Robotic Rehabilitation in Patients with Stroke: A Sensor-Derived Waveform Analysis
  Argunsah H., Şirazi H., Gökhan Y. C., Yavuzer G., Holoğlu K. LIFE, cilt.16, sa.956, ss.1-11, 2026 (SCI-Expanded, Scopus) Proprioceptive and Biomechanical Responses to Ankle Bracing in Elite Basketball Players: A 3D Motion
  Capture and Sensor-Based Approach Eroğlu B., Yalçın B., Argunsah H.
• JOURNAL OF HUMAN KINETICS, sa.106, ss.1-10, 2026 (SCI-Expanded, Scopus) Short-Term Effects of Targeted Movement Training on Gait Kinematics in Children with Juvenile Idiopathic Arthritis: A Motion Analysis Study Özbal S., Albayrak A., Yekdaneh A., Dönmez I., Aktay Ayaz N., Arman S. N., Argunsah H.
• JOURNAL OF CLINICAL MEDICINE, cilt.15, sa.10, ss.1-14, 2026 (SCI-Expanded, Scopus) Gait Kinematic Adaptations Following Schroth Therapy in Individuals with Adolescent Idiopathic ScoliosisArgunsah H., Sarıkaya R. B., Yavuz T., Albayrak A.
• JOURNAL OF CLINICAL MEDICINE, cilt.15, ss.1-14, 2026 (SCI-Expanded, Scopus) Sensor-Derived Trunk Stability and Gait Recovery: Evidence of Neuromechanical Associations Following Intensive Robotic Rehabilitation Şirzai H., Gökhan Y. C., Yavuzer G., Argunsah H.
• SENSORS, cilt.26, sa.573, ss.1-17, 2026 (SCI-Expanded, Scopus) Machine Learning–Based Classification of Pathological Shoulder Motion Using Phase-Specific Kinematic Features Argunsah H.
• COMPUTER METHODS IN BIOMECHANICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING, cilt.29, ss.1-10, 2026 (SCI-
  Expanded) Advancing Precision Rehabilitation Through a Sensor-Based 6-DoF Robotic Exoskeleton: Clinical
  Validation and Ergonomic Assessment Argunsah H., Yalçın B., Patoğlu V.
• SENSORS, cilt.26, sa.88, ss.1-12, 2025 (SCI-Expanded, Scopus) Classification of knee osteoarthritis severity using markerless motion capture and long short-term memory fully convolutional network Kaya E., Şirazi H., Yavuzer G., Argunsah H.
• COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE, cilt.195, sa.110647, ss.1-10, 2025 (SCI-Expanded) Interlimb Biomechanics of Female Football Players during Vertical Jump as a Predictor of Anterior Cruciate Ligament Ruptures Katırcıoğlu Z., Yalçın B., Işık A., Yargıç P. M., Argunsah H.
• ACTA OF BIOENGINEERING AND BIOMECHANICS, cilt.28, sa.2, ss.1-10, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi İpek Atay, Acıbadem Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü’nde Dr. Öğr. Üyesi olarak görev yapmaktadır. Doktora derecesini Koç Üniversitesi Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Programı’ndan almıştır. Yıldız Teknik Üniversitesi Makine Mühendisliği Bölümü lisans ve İsveç’teki Linköping Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Programı yüksek lisans mezunudur. Daha önce TÜBİTAK 1004 ve ERC projelerinde doktora sonrası araştırmacı olarak görev almış; kas-iskelet sistemi uygulamalarına yönelik yenilikçi biyomürekkeplerin tasarımı ve geliştirilmesinin yanı sıra yeni nesil giyilebilir tanı sistemleri için özgün biyomalzemelerin geliştirilmesi üzerine çalışmıştır.Başlıca araştırma alanları; mekanik temelli akıllı biyomalzeme tasarımı, mimarisi ve bozunması programlanabilen doku iskeleleri, işlevsel biyoarayüzler ve biyomedikal uygulamalara yönelik model destekli çok işlevli malzeme sistemleridir.

Araştırma Alanları

Mechanics-informed biomaterial design, Architected and adaptive tissue scaffolds,Functional biointerfaces, Model-informed design of biomedical materials, Biofabrication and advanced manufacturing for biomedical applications,Smart and multifunctional biomaterials, Mechanobiology.

Devam Eden Projeler

• Oksetik Mimariye Dayalı Kemik İliği Benzeri Yapıların Geliştirilmesi ve Karakterizasyonu

Seçilmiş Yayınlar

• Critical Role of Surface Properties in Passive Interstitial Fluid Extraction Using Polymeric Hollow Microneedles for Wearable Diagnostics
  Atay I., Yilgör E., Neşer G., Abbasiasl T., Yagci M. B., Yilgör I., et al.
  ADVANCED MATERIALS INTERFACES , sa.2500001, ss.1-9, 2025 
• Simple and Green Process for Silk Fibroin Production by Water Degumming
  Atay İ., Asad E., Yagci M. B., Sürme S., Kavakli I. H., Yilgör E., et al.
  ACS Omega , cilt.10, sa.1, ss.272-280, 2025 
• Critical role of the composition of the cell culture medium on cell attachment and viability on PLA biocomposite scaffolds under in vitro assay conditions
  Atay İ., Yilgör E., Sürme S., Kavakli I. H., Yilgör I.
  Polymer , cilt.297, 2024 
• Reversible switching of wetting properties and erasable patterning of polymer surfaces using plasma oxidation and thermal treatment
  Rashid Z., Atay İ., Soydan S., Yagci M. B., Jonáš A., Yilgor E., et al.
  Applied Surface Science , cilt.441, ss.841-852, 2018  

Akademik Özgeçmiş Özeti

Prof. Dr. Özge Can, Ege Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü'nden mezun olduktan sonra İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü'nde Kimya Mühendisliği yüksek lisansını tamamlamıştır. 2008 yılında Amerika Birleşik Devletleri'nde Cleveland State University Kimya ve Biyomedikal Mühendisliği bölümünden doktora derecesini aldıktan sonra University of Delaware’de NIH (National Institute of Health)-bursiyeri olarak post doktora yapmıştır. 

2010-2014 yılları Arasında Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı’nda Yrd. Doç. Dr. olarak çalışmış, doçentliğini Sağlık Bilimleri Tıbbi Biyokimya alanından almıştır. Prof. Dr. Özge Can Proteomik Derneği kurucu üyesidir ve kuruluşundan 2014 yılına kadar derneğin Yönetim Kurulu Başkan Yardımcılığı görevini yapmıştır. 

2007 yılında TauBetaPi (Engineering Honor Society) üyeliğine seçilen Prof. Dr. Özge Can, Acıbadem Üniversitesi Sağlık Politikaları Merkezi Müdür Yardımcısı, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulunmuştur. Dr. Can 2021 yılından bu yana Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü başkanlığı görevini yapmaktadır.

Araştırma Alanları

• Protein Mühendisliği
• Peptit Tasarımı
• Biyoteknolojik İlaç Geliştirme
• Tanı Kitleri
• Nöroonkoloji

Devam Eden Projeler

KURT ÇAKMAKTAŞ E., CEYLANER B., CAN Ö., KOCAGÖZ Z. T., ERDEMİR F., Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje,
BAP Araştırma Projesi, Probiyotik Mikroorganizmaların İzolasyonu ve AGS Hücre Hattında Hücre Ölüm
Mekanizmalarına Etkileri, 2025 - Devam Ediyor
ERŞEN DANYELİ A., BİLGÜVAR K., AKYERLİ BOYLU C., CAN Ö., TANRIKULU B., ÖZDUMAN K., TÜBİTAK Uluslararası
Çoklu İşbirliği Projesi , ERA.NET Projesi , Erişilebilir Epigenetik Sınıflandırma Ile Tümörlerin Tespiti,
Sınıflandırılması, Karakterizasyonu Ve Tedavisinin İzlenmesi, 2025 - 2028
Can Ö., TÜBİTAK Projesi, 2244 - TÜBİTAK Sanayi Doktora Programı Projesi, Biyoteknolojik İlaç Üretiminde Yerli
Teknolojilerin Geliştirilmesi, 2020 - 2027
Can Ö., Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Güdümlü, Protein Katlanma Problemlerine Yönelik
Hastalıklarda ERAD Mekanizmasını Hedefleyen Peptit Bazlı Formülasyon Geliştirilmesi Kistik Fibrozis Modeli, 2024
- 2026
CAN Ö., KOCAGÖZ Z. T., Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi, Hızlı Tanı Kitleri için Oda
Sıcaklığında Nükleik Asit Çoğaltım Yönteminin Geliştirilmesi, 2024 - 2026
Can Ö., Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi, Hızlı Tanı Kitleri için Oda Sıcaklığında
Nükleik Asit Çoğaltım Yönteminin Geliştirilmesi, 2023 - 2026
Can Ö., TÜSEB C Grubu Öncelikli AR-GE Projesi, RAS-mutant Kanserlerde C-Raf Serin/Treonin Kinazın Bag-1 ile olan
Etkileşimini Hedefleyen Yeni bir Terapötik İlaç Adayı: Preklinik Araştırma, 2023 - 2026
Timuçin A. C., Gürol İ., Can Ö., Kocagöz Z. T., TÜBİTAK Projesi, 1004 – Mükemmeliyet Merkezi Destek Programı FAZ
II, Detection and monitorization of cardiovascular disease parameter through MEMS structured sensor systems
(KARMEMS) , 2022 - 2026
Timuçin A. C., Külah H., Gürol İ., Can Ö., Kocagöz Z. T., TÜBİTAK Projesi, 1004 – Mükemmeliyet Merkezi Destek
Programı FAZ II, MAESTRO - Micro Medical Technologies Platform, 2022 - 2026

Seçilmiş Yayınlar

Comparative Cytotoxicity and Molecular Profiling of Akkermansia muciniphila Postbiotics in AGS and HCT116 Cells
EK Cakmaktas, F Erdemir, B Ceylaner, A Kalkanci, YY Uzuner, O Can, ...
Journal of Agriculture and Food Research, 102933                2026
       In silico–designed peptide targeting MDR1 (P-gp) restores chemosensitivity in colorectal cancer via chitosan nanoparticle delivery
H Maden, H Calik, RY Ozturk, SA Yuka, BZ Temur, Ö Can, GD Doğanay, ...
Journal of Drug Delivery Science and Technology, 108003                2026
       Concentrated urine as an alternative to cervical smear samples enabling easy screening of HPV in large populations
NY Uyar, H Bodur, MO Erdem, IAK Altinisik, E Aksoy, T Polat, F Demir, ...
Journal of Infection and Public Health 18 (10), 102857        4
2025
       New Generation Antibiotics Derived from DABCO-Based Cationic Polymers
BZ Temur, IC Cetinkaya, M Acikel Elmas, N Unubol, S Arbak, T Kocagoz, ...
Antibiotics 14 (9), 856        2
2025
       2D and 3D in vitro photodynamic activities of tetra-substituted symmetric water-soluble cationic zinc (II) phthalocyanines on cancer
S Isik, M Ozcesmeci, AK Burat, E Hamuryudan, A Erdogmus, O Can, ...
Scientific Reports 15 (1), 25148        14
2025
       Morpholinoethoxy-substituted cationic metal-free and metallo phthalocyanines: in vitro photodynamic therapy activities, PDT-induced ROS level measurements, and cellular death …
M Serhatli, S Isik, A Kalkan, M Özçeşmeci, E Hamuryudan, Ö Can
ACS bio & med Chem Au 5 (4), 766        14
2025
       Preparation of Nanoparticle-Immobilized Gold Surfaces for the Reversible Conjugation of Neurotensin Peptide
H Gok, D Gol, BZ Temur, N Turkan, O Can, CE Kirimli, G Ozgun, O Gok
Biomolecules 15 (6), 767        1
2025
       Gargle and mouthwash can replace nasopharyngeal swab sampling with a concentration method for diagnosis of COVID-19
B Sancak, E Mutlu, OS Cirit, T Kocagöz, Ö Can, C Çicek, AA Sayıner, ...
Bio&BioTech Journal 1 (1), 1-11                2025
       Comparative forced degradation study of anticomplement C5 biosimilar and originator monoclonal antibodies
M Celik Yamaci, C Pamukcu, Y Erdemgil, AE Atik, ZZY Keles, O Can
Pharmaceuticals 18 (4), 579        4
2025
       Experimental system design and modelling of EGFR extracellular domain and its mutant binding to antibody interacting partner
F Erdemir, BK Balcioglu, TA Ozal Ildeniz, O Can
International Journal of Molecular Sciences 26 (8), 3594                2025
       Peptide-based regulation of TNF-α-mediated cytotoxicity
BZ Temur, AC Timucin, AE Atik, T Kocagoz, O Can
Biomolecules 15 (4), 559        3
2025
       From population-based to personalized laboratory medicine: continuous monitoring of individual laboratory data with wearable biosensors
A Coskun, IN Savas, O Can, G Lippi
Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences 62 (3), 198-227        16
2025
       Comparative Genomics of Bifidobacterium animalis subsp. lactis Reveals Strain-Level Hyperdiversity, Carbohydrate Metabolism Adaptations, and CRISPR …
O Can, I Gumustop, I Genel, H Unver, E Dertli, IC Kurt, F Ortakci
Fermentation 11 (4), 179        3
2025
       A BAG-1-inhibitory peptide, GO-Pep, suppresses c-Raf activity in cancer
O Tatli, E Cebi, M Turk, B Dingiloglu, A Sezan, E Basturk, BZ Temur, ...
Communications Biology 8 (1), 336                2025
       Protease-resistant, broad-spectrum antimicrobial peptides with high antibacterial and antifungal activity
T Kocagoz, BZ Temur, N Unubol, M Acikel Elmas, Z Kanlidere, S Cilingir, ...
Life 15 (2), 242        11
2025
       Anti-angiogenic effects of cationic zinc (II) phthalocyanine derivatives through photodynamic therapy
S Isik, M Ozcesmeci, AK Burat, E Hamuryudan, O Can, M Serhatli
Scientific Reports 15 (1), 2498        15
2025
       Nicking Activity of M13 Bacteriophage Protein 2
E Aybakan, T Kocagoz, O Can
International Journal of Molecular Sciences 26 (2), 789                2025

Akademik Özgeçmiş Özeti

Dr. Öğr. Üyesi Seda Nilgün Dumlu, Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nden lisans, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Tıp Bilişimi Programı’ndan yüksek lisans derecesini almıştır. Yüksek lisans çalışmaları sırasında Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi ile iş birliği içerisinde nörogörüntüleme araştırmaları yürütmüş ve Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School bünyesindeki Surgical Planning Laboratory’de misafir araştırmacı olarak bulunmuştur. Doktora derecesini Boğaziçi Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Programı’ndan almış; temporal lob epilepsisinde fonksiyonel beyin bağlantılarını incelediği doktora çalışmalarını Massachusetts General Hospital ve Harvard Medical School’a bağlı Martinos Center for Biomedical Imaging ile iş birliği içerisinde gerçekleştirmiştir. Halen Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Bölümü’nde öğretim üyesi olarak görev yapmakta ve Medical Image Computing and Artificial Intelligence (MICAI) Laboratuvarı Direktörlüğünü yürütmektedir.

Araştırma Alanları

• Tıbbi Görüntü İşleme ve Analizi
• Yapay Zekâ ve Makine Öğrenmesinin Sağlık Uygulamaları
• Nörogörüntüleme
• fMRI ve fNIRS Veri Analiz
• Biyomedikal Sinyal İşleme
• Tıbbi Görüntü Segmentasyonu
• Radyomik ve Klinik Karar Destek Sistemleri

Devam Eden Projeler

• Diz Osteoartritinde Egzersizin Beyin Aktivitesi ve Fonksiyonel Bağlantılar Üzerindeki Etkilerinin İncelenmesi
• Tıbbi Görüntülerde Yapay Zekâ Destekli Segmentasyon ve Klinik Sonuç Tahmini

Seçilmiş Yayınlar

• Faizy, D., Yaman, R. B., Dumlu, S. N., Yavuz, T., Kocaoğlu, M. A., Albayrak, A., & Argunşah, H. “Dynamic infrared thermography reveals bilateral thermal recovery asymmetry in scoliosis.” Journal of Clinical Medicine, 2026
• Yuce, M., Erdogan, S. B., Akin, A., Ozyar, E., Gungor, G., Guvendiren, B., Tanoren, B., & Dumlu, S. N. “Multi-institutional deep learning for GTV segmentation and survival prediction in nasopharyngeal carcinoma.” BMC Medical Imaging, 2026
• Çalış, N. M., Sağlar, D., Yükselen, G., Öztürk, Ö., Erdoğan, S. B., & Dumlu, S. N. “Alterations in functional connectivity patterns of knee osteoarthritis patients induced by exercise therapy: An fNIRS study.” 6th International Neuroergonomics Conference, 2026
• Yalınay Dikmen, P., Ilgaz Aydinlar, E., Dumlu, S. N., Onal, T., Gumru, S., & Loleyt, A. “Real-world evidence (RWE) on migraine treatment in routine clinical practice: Insights from the Türkiye Migraine Registry Study (TMRS) using AI algorithms.” Value in Health, 2024
• Akın, A., Yorgancıgil, E., Öztürk, O. C., Sütçübaşı, B., Kırımlı, C. E., Elgün Kırımlı, E. E., Dumlu, S. N., Yükselen, G., & Erdoğan, S. B. “Small world properties of schizophrenia and OCD patients derived from fNIRS-based functional brain network connectivity metrics.” Scientific Reports, 2024
• Dumlu, S. N., Ademoğlu, A., & Sun, W. “Investigation of functional variability and connectivity in temporal lobe epilepsy: A resting-state fMRI study.” Neuroscience Letters, 2020
• Demircan, T., Keskin, İ., Dumlu, S. N., Aytürk, N., Avşaroğlu, M. E., Akgün, E., et al. “Detailed tail proteomic analysis of axolotl (Ambystoma mexicanum) using an mRNA-seq reference database.” Proteomics, 2017

Akademik Özgeçmiş Özeti

Doç. Dr. Sinem Burcu Erdoğan, 2014 yılında Boğaziçi Üniversitesi Biyomedikal Mühendisliği Enstitüsü’nden doktora derecesini aldı. 2014-2016 yılları arasında Harvard Tıp Okulunda doktora sonrası araştırmacı olarak çalıştı. 2016 yılı itibariyle Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi'nde Biyomedikal Mühendisliği bölümünde çalışmakta ve bu bölümde doçent olarak görev yapmaktadır.

Anabilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği

Araştırma Alanları

Dr. Erdoğan’ın güncel araştırma alanları, beyin ve vücuttan girişimsel olmayan yaklaşımlarla biyolojik işaretler toplayan giyilebilir sensör verilerini ve nöropsikiyatrik test ölçümlerini birleştirerek klinik karar destek sistemleri geliştirme ve gündelik hayatta beyin fizyolojisini optik sistemlerle takip ederek tersine çözümleme ve anlamlandırma gibi problemlere odaklanmıştır. Bu bağlamda, araştırma grubu ile birlikte zihinsel düşünce süreçlerinin, bilişsel iş yükünün, stres seviyesinin, durumsal farkındalık ve dürtüselliğin gerçek zamanlı ve doğal ortamlarda nicel çıkarımının yapılması nihai hedefleri için işlevsel yakın kızılaltı spektroskopisi (functional near infrared spectroscopy-fNIRS) temelli, girişimsel olmayan beyin bilgisayar arayüzü (BBA) sistem tasarımları geliştirmektedir.

Seçilmiş Yayınlar

• Immediate Effects of Acceptance and Commitment Therapy in Children with ADHD: A Pilot Resting-State fNIRS Study
• Multi-institutional deep learning for GTV segmentation and survival prediction in nasopharyngeal carcinoma Yuce M., ERDOĞAN S. B., AKIN A., ÖZYAR E., Gungor G., Guvendiren B., TANOREN B., DUMLU S. N. BMC medical imaging, cilt.26, sa.1, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
•  fNIRS reproducibility varies with data quality, analysis pipelines, and researcher experience. Yücel M. A., Luke R., Mesquita R. C., von Lühmann A., Mehler D. M. A., Lührs M., Gemignani J., Abdalmalak A., Albrecht F., de Almeida Ivo I., et al. Communications biology, cilt.8, sa.1, ss.1149, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
• Decoding basic emotional states through integration of an fNIRS-based brain–computer interface with supervised learning algorithms Eser A., ERDOĞAN S. B. PLOS ONE, cilt.20, sa.7 July, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
• Blood pressure monitoring from naturally recorded speech sounds: advancements and future prospects
  ARI F., ANKIŞHAN H., Frederick B. B., Hocke L. M., ERDOĞAN S. B. Speech Communication, cilt.172, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
• Explainable fNIRS-based pain decoding under pharmacological conditions via deep transfer learning approach.
  Eken A., Yüce M., Yükselen G., Erdoğan S. B. Neurophotonics, cilt.11, sa.4, ss.45015, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
• Small world properties of schizophrenia and OCD patients derived from fNIRS based functional brain network connectivity metrics AKIN A., Yorgancıgil E., Öztürk O. C., SÜTÇÜBAŞI B., KIRIMLI C. E., Elgün Kırımlı E. E., DUMLU S. N., YUKSELEN G., ERDOĞAN S. B. SCIENTIFIC REPORTS, cilt.14, sa.1, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
• Sex based differences in functional connectivity during a working memory task: an fNIRS study Shirzadi S., Dadgostar M., Einalou Z., Erdoğan S. B., Akın A. FRONTIERS IN PSYCHOLOGY, cilt.15, 2024 (SSCI, Scopus)
• A new system for cuffless blood pressure measurement ANKIŞHAN H., ARI F., Celik H., Frederick B. B., Hocke L. M., ERDOĞAN S. B., ÜNAL M. A. APPLIED ACOUSTICS, cilt.212, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
• An Exploratory Analysis of the Neural Correlates of Human-Robot Interactions With Functional Near Infrared Spectroscopy Yorgancigil E., Yildirim F., Urgen B. A., ERDOĞAN S. B. FRONTIERS IN HUMAN NEUROSCIENCE, cilt.16, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
• Four-Class Classification of Neuropsychiatric Disorders by Use of Functional Near-Infrared Spectroscopy Derived Biomarkers ERDOĞAN S. B., YUKSELEN G. SENSORS, cilt.22, sa.14, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
• Effect of Painful Electrical Stimuli on Readiness Potential in the Human Brain.
  Dilek B., Osumi M., Nobusako S., Erdoğan S. B., Morioka S.
  Clinical EEG and neuroscience, cilt.53, sa.2, ss.114-123, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
• Identification of impulsive adolescents with a functional near infrared sectroscopy (fNIRS) based decision support system ERDOĞAN S. B., YUKSELEN G., Yegul M. M., Usanmaz R., Kiran E., DERMAN O., AKIN A.
  JOURNAL OF NEURAL ENGINEERING, cilt.18, sa.5, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)